Upara Bendera dilaksanakan sebagai wujud Cinta Tanah Air. Upacara dilaksanakan setiap hari Senin, dan diikuti oleh seluruh Dewan Guru dan Karyawan SD Katolik Wijana Jombang. Pun diikuti oleh seluruh siswa - siswi. Pemimpin Upacara Bendera dipimpin bergantian oleh Dewan Guru.
Siswa - siswi SD Katolik Wijana Jombang dengan antusias dan penuh disiplin mengikuti upacara bendera yang tidak hanya dilakukan pada hari senin saja, tetapi juga pada peringatan hari besar. Seperti Hari Guru, Hari Pahlawan, Hari Pendidikan dan sebagainya.
Upacara bendera juga menjadi sarana untuk membangun semangat disiplin setiap siswa - siswi SD Katolik Wijana Jombang. Bukan hanya sekedar acara yang rutin digelar hari senin, tetapi sebagai wadah untuk belajar berdisiplin diberbagai bidang guna mendukung setiap pembelajaran di sekolah.
Berbagai amanat yang langsung diberikan oleh Inspektur upacara membuat siswa - siswi untuk lebih bersemangat dalam belajar.
